Το 1942 το όνομα Αϊκίντο υιοθέτησε επίσημα, ενώ ο Μοριχέι επέλεξε να μετακομίσει με την σύζυγό του στην Ιουάμα της Νομαρχίας Ιμπαράκι, αφήνοντας επικεφαλής του Ντότζο στο Τόκιο τον γιο του Κισομάρου Ουεσίμπα. Στα 1943 το Τέμενος του Αϊκι χτίστηκε στην Ιουάμα της Νομαρχίας Ιμπαράκι και το 1945 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες του Ιμπαράκι Ντότζο.
Ο Κισομάρου έγινε επικεφαλής σε νεαρή ηλικία με τα λόγια του πατέρα του «Θα αφήσω πάνω σου την προώθηση του Αϊκίντο στην κοινωνία. Θέλω να αφιερώσω την υπόλοιπη ζωή μου στην περαιτέρω άσκηση.» Έτσι κατ’ αυτόν τον τρόπο ο Κισομάρου έγινε υπεύθυνος για την οργάνωση και την προώθηση του Αϊκίντο, ενώ ο Μοριχέι, αφού ανέστειλε την διδασκαλία του στο Τόκιο, περνούσε τον καιρό του στην Ιουάμα τελειοποιώντας την τεχνική του και το πνεύμα του.
